发信人: schumann (schumann), 信区: Biology
标  题: 奇怪的RNA-seq 结果
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Jan 12 15:53:52 2021, 美东)

两组老鼠，同一种类型的肿瘤，一组的肿瘤环境里额外引入了一个致癌基因，所以不奇
怪这一组的肿瘤长得快，而另一组慢一点。可是去RNA测序做GSEA后，发现长得慢的肿
瘤里面反而和癌症相关的各种通路更高enrichment，咋解释？
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发信人: shakuras (doskey), 信区: Biology
标  题: Re: 奇怪的RNA-seq 结果
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Jan 12 17:45:31 2021, 美东)

长得快的基因呢？
没啥不正常的，你这两个都是肿瘤，发生啥都可能
【 在 schumann (schumann) 的大作中提到: 】
: 两组老鼠，同一种类型的肿瘤，一组的肿瘤环境里额外引入了一个致癌基因，所以不奇
: 怪这一组的肿瘤长得快，而另一组慢一点。可是去RNA测序做GSEA后，发现长得慢的肿
: 瘤里面反而和癌症相关的各种通路更高enrichment，咋解释？



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发信人: schumann (schumann), 信区: Biology
标  题: Re: 奇怪的RNA-seq 结果
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Jan 12 17:53:14 2021, 美东)

做了两个gene set collections, hallmark and c2, 这两个collection一共好几千个
gene sets，长的快的肿瘤就压根没有一个significant enrichment.

老板说exciting data, 可是解释起来很难啊。

【 在 shakuras (doskey) 的大作中提到: 】
: 长得快的基因呢？
: 没啥不正常的，你这两个都是肿瘤，发生啥都可能



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发信人: FatSheep (Serta is my cousin), 信区: Biology
标  题: Re: 奇怪的RNA-seq 结果
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jan 13 02:23:20 2021, 美东)

这不是很正常的现象吗？ organic的东西当然比fertilizer 吹大的各方面要条件更成
熟些。
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发信人: schumann (schumann), 信区: Biology
标  题: Re: 奇怪的RNA-seq 结果
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jan 13 11:43:44 2021, 美东)

不是用fertilizer催大，是genetically 在tumor associated fibroblasts里引入了一
个致癌基因，导致肿瘤生长更快，但这个肿瘤却没有任何促进肿瘤生长的gene sets的
enrichment,反而是对照里有。

【 在 FatSheep (Serta is my cousin) 的大作中提到: 】
: 这不是很正常的现象吗？ organic的东西当然比fertilizer 吹大的各方面要条件更成
: 熟些。



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发信人: Budist (黑白), 信区: Biology
标  题: Re: 奇怪的RNA-seq 结果
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jan 13 12:09:46 2021, 美东)

实事胜于假设，机体各种网罗错综复杂，相服影响和制约，表型就是最终相服作用的结
果。比如快速增长的肿瘤，可引起更强烈炎症反应（炎症通路激活），导致肿瘤组织坏
死，可能富集更多免疫淋巴细胞，产生大量r-干扰素，诱导PD-L1表达增高，反过来抑
制对肿瘤免疫杀伤（免疫低下）。这一高一低不是也可能吗？为什么要定义一刀切，非
黑即白呢？
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发信人: schumann (schumann), 信区: Biology
标  题: Re: 奇怪的RNA-seq 结果
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jan 13 12:26:23 2021, 美东)

是。但奇怪的是，我们长得快的肿瘤里，三四千个gene sets,居然没有富集一个gene
set。倒是对照组里有几百个，大部分都是促进肿瘤生长的。 感觉tumor associated
fibroblasts里面的 oncogene把所有的信号通路都消声了，然后这肿瘤还长得快。诡异呀

【 在 Budist (黑白) 的大作中提到: 】
: 实事胜于假设，机体各种网罗错综复杂，相服影响和制约，表型就是最终相服作用的结
: 果。比如快速增长的肿瘤，可引起更强烈炎症反应（炎症通路激活），导致肿瘤组织坏
: 死，可能富集更多免疫淋巴细胞，产生大量r-干扰素，诱导PD-L1表达增高，反过来抑
: 制对肿瘤免疫杀伤（免疫低下）。这一高一低不是也可能吗？为什么要定义一刀切，非
: 黑即白呢？




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※ 修改:·schumann 於 Jan 13 12:27:44 2021 修改本文·[FROM: 2600:1700:1261:e]
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发信人: zhangxd128 (多多), 信区: Biology
标  题: Re: 奇怪的RNA-seq 结果
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jan 13 14:24:34 2021, 美东)

涨得快的肿瘤有很多坏死细胞吗？ 中间有脓水吗？

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发信人: Budist (黑白), 信区: Biology
标  题: Re: 奇怪的RNA-seq 结果
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jan 13 14:29:28 2021, 美东)

我们研究发现长的快的肿瘤，PI3K 和AHR signal pathway都高，
如果target FGFR drug治疗，肿瘤慢慢缩小甚至消失，
停药后又慢慢反弹。
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发信人: Budist (黑白), 信区: Biology
标  题: Re: 奇怪的RNA-seq 结果
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jan 13 14:50:52 2021, 美东)


是的，长的快的大的肿瘤，中间组织坏死明显

【 在 zhangxd128 (多多) 的大作中提到: 】
: 涨得快的肿瘤有很多坏死细胞吗？ 中间有脓水吗？



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发信人: cox001 (cox), 信区: Biology
标  题: Re: 奇怪的RNA-seq 结果
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jan 13 15:34:02 2021, 美东)

这是好事情。要清楚一点，这些gene set都是人为定义的。你们可以基于你们的发现再
弄一个gene set.

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发信人: zhangxd128 (多多), 信区: Biology
标  题: Re: 奇怪的RNA-seq 结果
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jan 13 17:08:24 2021, 美东)

所以你应该在不同时间收组织。太晚了，就不对了，比如这些中间坏死的细胞明显细胞
状态和边上的不同的。

【 在 Budist (黑白) 的大作中提到: 】
: 是的，长的快的大的肿瘤，中间组织坏死明显




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发信人: Auction (御风而行), 信区: Biology
标  题: Re: 奇怪的RNA-seq 结果
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jan 13 21:05:45 2021, 美东)

感觉大部分得到的基因应该反应的是cell population在不同环境下的差别，和信号通
路没有直接关系。
【 在 Budist (黑白) 的大作中提到: 】
: 是的，长的快的大的肿瘤，中间组织坏死明显



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发信人: Budist (黑白), 信区: Biology
标  题: Re: 奇怪的RNA-seq 结果
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jan 13 23:37:31 2021, 美东)

是的，我们去掉坏死组织，
只取形态好的肿瘤组织
【 在 zhangxd128 (多多) 的大作中提到: 】
: 所以你应该在不同时间收组织。太晚了，就不对了，比如这些中间坏死的细胞明显细胞
: 状态和边上的不同的。



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发信人: yunfeilm (yunfei), 信区: Biology
标  题: Re: 奇怪的RNA-seq 结果
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jan 14 05:33:45 2021, 美东)

基因分析的时候有去掉batch effect？样本收集有考虑统计差异？
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发信人: yunfeilm (yunfei), 信区: Biology
标  题: Re: 奇怪的RNA-seq 结果
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jan 14 05:56:33 2021, 美东)


【 在 Budist (黑白) 的大作中提到: 】
: 是的，我们去掉坏死组织，
: 只取形态好的肿瘤组织


这明显没有设计好实验，建议对比分析好各个时间点肿瘤的大小重量和病理学分析，在
确定RNA-seq样本收集
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发信人: Budist (黑白), 信区: Biology
标  题: Re: 奇怪的RNA-seq 结果
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jan 14 09:22:35 2021, 美东)

Yes, your suggestions are right, thanks
【 在 yunfeilm (yunfei) 的大作中提到: 】
: 这明显没有设计好实验，建议对比分析好各个时间点肿瘤的大小重量和病理学分析，在
: 确定RNA-seq样本收集



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发信人: JonSnow (JonSnow), 信区: Biology
标  题: Re: 奇怪的RNA-seq 结果
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jan 14 10:43:28 2021, 美东)

你也要检查一下GSEA的过程。我遇到过有人把GSEA分析的input里面的值搞反了。


【 在 schumann (schumann) 的大作中提到: 】
: 两组老鼠，同一种类型的肿瘤，一组的肿瘤环境里额外引入了一个致癌基因，所以不奇
: 怪这一组的肿瘤长得快，而另一组慢一点。可是去RNA测序做GSEA后，发现长得慢的肿
: 瘤里面反而和癌症相关的各种通路更高enrichment，咋解释？



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※ 来源:·WWW 未名空间站 网址：mitbbs.com 移动：在应用商店搜索未名空间·[FROM: 172.]

发信人: JonSnow (JonSnow), 信区: Biology
标  题: Re: 奇怪的RNA-seq 结果
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jan 14 16:23:46 2021, 美东)

挑两个基因看看。看看RNA－seq里面的变化方向，然后再看看你GSEA的方向。
【 在 JonSnow (JonSnow) 的大作中提到: 】
: 你也要检查一下GSEA的过程。我遇到过有人把GSEA分析的input里面的值搞反了。



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※ 来源:·WWW 未名空间站 网址：mitbbs.com 移动：在应用商店搜索未名空间·[FROM: 172.]

发信人: yunfeilm (yunfei), 信区: Biology
标  题: Re: 奇怪的RNA-seq 结果
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jan 14 17:02:01 2021, 美东)

也许可能是取DE list时候，设置coef的时候对照和实验组设置相反了。不过从他叙述
来看，他的实验条件没有摸好
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